厦门大学附属中山医院创建于1928年，由爱国华侨和地方知名人士为弘扬中山先生“天下为公，造福社会”的精神捐资兴建而成。时任厦门大学校长、医学专家林文庆博士出任首任院长。抗战与文革时期，医院历经沦陷和撤并。1981年，中山医院作为厦门经济特区重点建设配套工程迁址重建，1988年重新开诊。目前，医院已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等国家重点大学附属医院。
医院现有床位1730余张，教职员工2300余名（含高级专家380余名，硕士、博士以上学历300余名，硕士生导师和博士生导师50余名）。年门、急诊量220万余人次，收住病人约4万人次。设有33个临床学科、10个医技科室、2个分院，2个分部、4个社区医疗中心。拥有厦门市心脏中心、厦门市临床检验中心、厦门市消化疾病诊治中心三个医学中心和厦门大学消化疾病研究所、厦门大学器官移植研究所、厦门市老年疾病康复研究所等研究机构。医院设有卫生部心血管介入诊疗培训基地、中华医学会消化内镜培训基地、福建省超声医学培训基地等专科医生培训基地。消化内科、肝胆外科、心内科、心外科、关节外科、血液科、内分泌科等学科为市级重点学科；非传染性呼吸系统疾病诊治专科、胸外科、急救医学重点专科、老年病康复科、病理科、皮肤科等学科为市级规划重点专科；妇产科、肾内科、耳鼻喉科、口腔科、整形外科等学科为市优势学科。
医院设有《诊断学》、《内科学》、《外科学》、《妇产科学》、《儿科学》等12个教研室。内科学、外科学为二级学科硕士学位授予点。拥有一支200余名的教师骨干队伍，以教授、副教授、研究生导师为主要力量。承担厦门大学、福建医科大学等省内外医学院校包括留学生在内的医学临床教学任务以及临床医学研究生的培养工作。2006年，经国家人事部严格遴选，我院以优异的成绩由国家人事部批准设立厦门大学附属中山医院博士后工作站。目前拥有包括国家自然科学基金在内的、部省级等各类科研项目已超过200余项。每年发表医学科技论文数百篇，其中被SCI源期刊收录的数十篇。
医院职工积极开展精神文明建设，秉持“自强不息，止于至善”的校训和“团结、敬业、求实、创新”的医院精神，坚持“以病人为中心”的宗旨，在医院改革和管理、精神文明和政治文明建设方面取得可喜成果，连续多次被评为省、市文明单位。2003年度被评为福建省抗击非典先进集体、2004年荣获全国卫生系统先进集体、2005年被评为全国精神文明建设工作先进单位、2008年获得厦门市五一劳动奖章和福建省抗震救灾先进集体等光荣称号，2009年获福建省第十届文明单位殊荣。